정부는 단계별·구간별로 자연휴식년제를 지속적으로 실시하기로 했으며, 시행 지역에 대한 생태계 상태 변화 및 인위적 복원 조치 효과에 대한 모니터링을 실시하였다. 공단은 이러한 정부의 정책에 따라 1994년부터 1996년까지 제2기 자연휴식년제를 12개 공원 36개소에서 확대 시행하였다.