국립공원관리공단은 자연자원조사연구팀 발족 이후 생태계보전·보호업무와 관련된 다양한 조사·연구업무를 수행하였으나, 종합적이고 과학적인 연구활동 전개에까지는 미치지 못하였다. 이에 연구능력 배양을 위해 국립공원연구소를 국립공원연구원으로 확대 개편하는 한편, 종복원센터와 철새연구센터를 산하조직으로 편입해 전문성을 한층 강화시켜 나갔다.