노고단의 훼손은 이미 일제강점기 외국인 선교사 휴양지 건설과 한국전쟁 시 방화와 폭격으로부터 비롯되었으며,

노고단 정상부에 초소와 방공호가 설치되었다.

1974년 정식으로 군부대가 주둔했으며, 이후 군부대 야영지와 훈련장으로 사용되며 정상부 훼손이 가중되었을 것이다.

다만 군부대 철수 후 1989년까지 정상부 출입을 금지하여 그나마 보전되기도 하였다.

군부대 시설은 노고단복원계획의 일환으로 정상부 시설은 1995년,

하단부 시설은 2007년에 각각 철거되었고, 진입도로는 탐방로 부분만 남기고 복원되었다.

이에 국립공원공단은 복구설계를 하고 시공에 돌입했다.

여러차례의 보완과 보수공사가 시행되었고, 현재의 노고단은 '하늘 위 꽃밭'으로 불릴 정도로 복원되어 많은 사람들의 칭송을 받고있다.