1986년 11월 27일 정부안으로 자연공원법 개정안이 12월 17일 국회 본회의 통과하여 12월 31일 공포되었다.
이에 따라 1987년 7월 1일 공단이 공식적 설립되었으며,
같은 해 8월 5일 3개 지리산국립공원관리사무소를 개소하여 각 지자체로부터 공원 관리 업무를 인수했다.
