한국보호지역포럼은 보호지역 관리 선진화 요구에 부응하여 환경부, 산림청 등 관계기관 및 전문가 합의로 2005년 11월 만리포 합의를 거쳐 2006년 3월 설립되었으며, 같은 해 9월 북한산국립공원도봉사무소 안에 사무국을 설치하였다.