국립공원관리공단은 2005년 조류연구센터 설립 이후 태안해안-변산반도-다도해해상-한려해상을 잇는 해양생태축 보전과 해양생물다양성 조사 등 전문 연구를 수행할 수 있는 해양연구센터를 국립공원연구원 산하조직으로 신설하였다. 이후 2007년 발생한 허베이스피리트호 유류유출사고를 계기로 신설된 유류오염연구센터와 함께 유류오염 및 해양생태계 모니터링에 관한 체계적인 연구능력을 축적하면서 해양자원 연구를 선도해 나가고 있다.