공단은 창립 초창기 쓰레기 청소, 불법시설 정비, 시설 설치 등에 치우쳐 있는 경향이 있었는데 1995년 수립한 '국립공원 자연생태계 보전 종합계획'의 세부추진을 계기로 국립공원 생태계 조사·연구를 본격 수행하기 시작하여 전문적·과학적 공원관리를 위해 한 걸음 나아가게 되었다.