1948년 10월, 전라남도 여수와 순천 지역에서 국방경비대 소속 군인들이 정부의 부당명령에 반기를 들고 시민들이 호응하여 봉기한 이른바 '여순사건'이 일어났다.

정부군과의 교전에서 패한 후 이들은 지리산으로 입산하였고, 정부군과 간헐적 교전을 벌이며 게릴라 활동에 돌입했다.

12월 정부군은 '빨치산'이라 불리는 게릴라들의 거점이 되는 것을 막기위해 노고단 일대 선교사 별장을 불태웠고,

이로 인해 주변 수목들이 피해를 입었다.

이후 한국전쟁이 발발하며 지리산은 다시 빨치산 활동 무대가 되었으며, 이 과정에서 1948년 12월 국군에 의해 법계사와 아지방을 포함한 칠불사가 소실되었다.

이어 1950년에는 연곡사와 대원사가 소실되는 등 주요 문화재가 큰 피해를 입었다.